Les évènements indésirables liés à la vaccination antiamarile sont généralement bénins. Mais on peut observer parfois des réactions d’hypersensibilité aux composants du vaccin, de même que des manifestations systémiques. Ces dernières sont extrêmement rares et peu documentées. Les atteintes systémiques peuvent être d’ordre neurologique, hépatique, rénal ou hémorragique.