Le traitement des aphtoses buccales doit être adapté à des formes cliniques très différentes. Dans tous les cas, il est conseillé de supprimer ou de traiter les foyers infectieux bucco-dentaires et d’éviter les aliments connus du patient pour favoriser le déclenchement des aphtes. L’évolution des aphtes se fait spontanément vers la guérison, ce qui rend difficile l’analyse des essais thérapeutiques. En fait, il n’existe à l’heure actuelle aucun traitement spécifiquement curatif des aphtes buccaux. Les traitements proposés, qu’ils soient locaux ou généraux, ont pour but de soulager la douleur et d’accélérer la cicatrisation. Les médicaments utilisés en traitement de fond pour limiter la fréquence des récidives ont seulement un effet suspensif sur la maladie et ne sont pas constamment efficaces.