Les aphtes idiopathiques récidivants disparaissent spontanément en 1 à 2 semaines. Un traitement n’est donc pas nécessaire en soi, et est surtout indiqué en cas d’aphtes fréquents et gênants. Un traitement local à base de lidocaïne (de préférence en solution visqueuse), de chlorhexidine ou d’acétonide de triamcinolone (pâte gingivale à 0,1%) peut être proposé, mais les preuves d’une efficacité sont limitées, et des effets indésirables ne peuvent être exclus. Un traitement par voie systémique n’est indiqué qu’exceptionnellement.